SWFLoader используется для загрузки подприложений, в то время как ModuleLoader используется для загрузки модулей, как вы сами заявили.
Разница в том, что модули имеют тесную связь с приложением, в которое они загружаются, и не могутиспользоваться автономно.С другой стороны, подприложение - это отдельное приложение, которое не имеет прямой ссылки на приложение, в которое оно загружено. В зависимости от ваших вариантов использования, вы можете рассмотреть одно или другое.
Есть хороший материал, доступныйиз Adobe здесь
Обязательно ознакомьтесь с разделом " Сравнение загруженных приложений с модулями ".