Вы можете настроить Hadoop в действии начальной загрузки, используя флаг --arg. Специально для вашего вопроса вы можете установить mapred.tasktracker.reduce.tasks.maximum равным 1.
elastic-mapreduce --create --alive \
--name "Configure Jobflow" \
--bootstrap-actions s3://elasticmapreduce/bootstrap-actions/configure-hadoop
--arg mapred.tasktracker.reduce.tasks.maximum=2