Я не уверен из вашего вопроса, если схемы одинаковы. Если это так, вы можете просто создать адаптер и вызвать обновление. Пример использования ODBC ...
public void Update(DataTable table)
{
OdbcConnection connection = new OdbcConnection(...);
OdbcDataAdapter adapter = new OdbcDataAdapter("SELECT * FROM TABLENAME", connection);
OdbcCommandBuilder builder = new OdbcCommandBuilder(adapter);
adapter.UpdateCommand = builder.GetUpdateCommand();
adapter.InsertCommand = builder.GetInsertCommand();
adapter.DeleteCommand = builder.GetDeleteCommand();
adapter.Update(table);
}