Главное, что вам не хватает, это то, что Markdown на самом деле не спроектирован как система шаблонов, а представляет собой синтаксис форматирования простого текста. Если вы хотите включить такие элементы HTML, как таблицы стилей, лучше использовать что-то вроде Haml .
Другим решением будет создание простого HTML-шаблона вокруг содержимого, отформатированного в Markdown, например (пример PHP, но может быть на любом другом языке).
<html>
<head>
<title>My Notes</title>
<link href="style.css" rel="stylesheet">
</head>
<body>
<h1>My notes</h1>
<?php markdown(file_get_contents('your_content.md')); ?>
</body>