Я думаю, вы нашли два правильных решения. Если ваш инструмент представляет собой плагин для Visual Studio, вы можете использовать первый метод. Не беспокойтесь о предупреждении, это означает, что вы не можете вызвать его из кода приложения. Но вы _ можете_ вызвать его из макропроекта или другого кода, предназначенного для расширения возможностей визуальных студий. , Поднимитесь на несколько уровней в дереве документации по ссылке, которую вы дали, и прочитайте о расширении среды разработки.
С другой стороны, если у вашего дополнения есть интерфейс командной строки, 2-й способ чрезвычайно легко добавить шаг в вашу сборку. Я всегда так делаю.