Я подозреваю, что единственный способ - начать с проверки архива за первую неделю. Затем перезапишите локальные файлы с архивом второй недели и отметьте эти изменения. Повторяйте до тех пор, пока все архивы не будут проверены.
Основное неудобство, связанное с этим, помимо времени, которое это займет, заключается в том, что svn часто не может автоматически разрешать конфликты. В вашем случае вы просто выбрали бы последнюю версию, чтобы выиграть, но это, вероятно, добавит больше времени к процессу.
Есть ли причина, по которой вам нужна полная история? В этой ситуации я был бы склонен проверять только последнюю версию и не беспокоиться об истории до этого момента. Или, возможно, только проверить в архивах, связанных с основными выпусками.
Редактировать: для обработки удалений вам необходимо сначала удалить файлы на жестком диске, а затем разархивировать следующий архив. Раздражает то, что вам нужно хранить папки .svn, чтобы svn могла отслеживать, какие файлы отличаются, а какие были добавлены или удалены.