Единственный способ, которым у меня когда-либо были разные файлы, это иметь отдельную цель и включать только определенные файлы в определенные цели.
РЕДАКТИРОВАТЬ С ПРИМЕРОМ
Хорошо, у меня естьсделано точно так же в другом проекте.У нас был файл DefaultProperties.plist, который был включен в цель.
Затем у нас было 3 копии этого файла, НЕ включенных в цель, ProdProperties.plist, TestProperties.plist, UatProperties.plist.
Мы создали среду для командной строки, используя xcodebuild, так как она была построена с использованием автоматического сервера сборки (Bamboo).
Перед запуском xcodebuild мы запустили бы это:
cp -vf "./Properties/Environments/${environment}Properties.plist" ./Properties/shared/DefaultProperties.plist
touch Properties/shared/DefaultProperties.plist
с передачей $ (environment) в скрипт.
Вы можете сделать что-то подобное с фазой RunScript в Xcode.