JRI - хорошее место для начала.Он обеспечивает возможность запуска R внутри Java-программы.Как только вы загрузите его, вы захотите прочитать README, поскольку он содержит инструкции по установке.В папке / examples есть несколько примеров с JRI, которые проведут вас через процесс создания R Engine и покажут, как выполнять некоторые простые задачиЯ никогда не использовал его лично, но похоже, что вы ищете.