Я не знаю, как вы удаляете сайт, я не знаю, но если вы устанавливаете контент в javascript с помощью eval или чего-то подобного, вы можете попробовать try-catch блок:
try
{
// your content injected to page here.
}
catch(err)
{
alert(err.description);
}
или вы можете очистить элементы скрипта перед включением на свой сайт с помощью этого регулярного выражения:
(<script\b[^>]*>.*?</script>)