Просто разорвите внутренний цикл и используйте нужную переменную в основном цикле.
for (int index = PocDiagnoses.MIN_DIAGNOSIS; index <= PocDiagnoses.MAX_DIAGNOSIS; index++)
{
foreach (RepeaterItem ri1 in GeneralRepeater.Items)
{
int iItemIndex = ri1.ItemIndex;
DropDownList myDDL = (DropDownList)GeneralRepeater.Items[iItemIndex].FindControl("GeneralDDL");
MyPoc.Diagnoses.Diagnoses[index] = new PatientDiagnosis(myDDL.SelectedValue, new SynergyOnSetDate(new System.DateTime(Year, Month, Day)), "01/02/2011");
break;
}
// Check the index variable here.
}