Я не говорю, что это причина поведения, которое вы описываете (но оно может ), но эта часть:
<logger name="com.arosys" additivity="false" >
<level value="INFO" />
<appender-ref ref="ConsoleAppender" />
<appender-ref ref="FixedWindowRollingFile"/>
</logger>
бессмысленно. Обычно вы устанавливаете неаддитивный логгер так, чтобы он перенаправлял его куда-то еще , чем место по умолчанию (ваш корневой логгер), но вы все равно отправляете вывод в место по умолчанию. Вы также можете удалить этот фрагмент.