Если ваш процесс занимает десять минут, я настоятельно рекомендую вам выполнить его в другом процессе, чем работник IIS.
Кроме того, проверьте, действительно ли для ваших транзакций требуется больше времени ожидания по умолчанию.
Работники IIS и транзакции не предназначены для такого использования.