Вот одна строчка, гарантирующая безопасность работы =)
In[16]:= list={{{3,1,2},{4,2,5}},{{7,1},{2,4}}};
In[17]:= {#[[Ordering[#]]],#2[[Ordering[#]]]}& @@@ list
Out[17]= {{{1,2,3},{2,5,4}},{{1,7},{4,2}}}
Возможно, будет немного яснее, что происходит:
sorter[{a_, b_}] :=
Module[{order = Ordering[a]},
{a[[order]], b[[order]]}
]
In[19]:= sorter /@ list
Out[19]= {{{1, 2, 3}, {2, 5, 4}}, {{1, 7}, {4, 2}}}