Для представлений вам просто нужно добавить имя папки в начало представления, например:
$this->load->view('www/home_view.php');
Возможно, вам потребуется повторить маршрутизацию для контроллеров, чтобы учесть дополнительные папки,Это можно сделать с помощью чего-то вроде следующего:
$route['admin/(:any)/(:any)'] = 'admin/$1/$2';
$route['admin/(:any)'] = 'admin/$1/index';
Это будет использовать контроллер ($ 1) и функцию ($ 2) внутри папки администратора, если URL-адрес www.example.com/index.php/admin / [controller] / [function]
для контроллеров в папке администратора;
и обновите контроллер по умолчанию следующим образом:
$route['default_controller'] = "www/home";