Поскольку вы используете LINQ-to-SQL, вы можете использовать синтаксис LINQ вместо ExecuteQuery, например:
var customers = from c in context.Customers
where ids.Contains(c.customer_id)
select c;
Или, если вы настаиваете на создании SQL-запроса, попробуйте:1004 *
context.ExecuteQuery<SourceTarget>(String.Format("select c.* from Customer c where c.customer_id in ({0})",
String.Join(",", ids)));