API-интерфейс с собственным кодом, на который я ссылался, был Windows DDK, то есть комплектом разработки драйверов. Современная версия, кажется, называется Windows Driver Kit, так что Google для Windows WDK :)
Там должно быть несколько примеров C о том, как общаться с USB-устройствами, и было бы довольно просто написать JNI-оболочку из них.