вы можете объединить stat_summary и geom_text следующим образом:
d <- data.frame(grp=gl(3,5, labels=letters[1:3]), v=rnorm(15))
ggplot(d, aes(grp, v)) +
stat_summary(fun.y=mean, geom="point") +
stat_summary(aes(label=..y..), fun.y=mean, geom="text", size=8)
но, вероятно, лучше заранее собрать и отформатировать метку:
ggplot(transform(ddply(d, .(grp), summarize, v=mean(v)), V=sprintf("%.02f", v)),
aes(grp, v)) +
geom_point() + geom_text(aes(label=V))