Вам нужно что-то запущенное на вашем сервере, которое будет принимать загруженный файл из браузера, а затем что-то делать с ним, например, сохранять его в каталог.
PHP - это серверный язык, который может это делать, однако javascript запускается в вашем браузере, а не на сервере, поэтому не имеет доступа для сохранения файлов на сервере.
Вероятно, у вас есть какой-то язык сценариев, работающий на вашем сервере, так что это должно быть технически возможно. Возможно, жерех? CGI? Perl?