К сожалению, ссылки не отображаются так же, как Properties и OneToOnes.
Вы можете получить доступ к базовому ComponentMapping с отражением, а затем создать свои собственные ManyToOneInstances с
var mapping = (ComponentMapping) typeof (ComponentInstance).GetField("mapping", BindingFlags.Instance | BindingFlags.NonPublic).GetValue(instance);
foreach (var r in mapping.References)
{
var ri = new ManyToOneInstance(r);
ri.Column("some_name");
}