Метод UnityContainer.LoadConfiguration может вызываться несколько раз в одном и том же контейнере.Каждый раз, когда он загружает все, что находится в этом разделе конфигурации, но он не удаляет то, что было ранее в контейнере - это добавка.Если есть конфликт (оба раздела настраивают один и тот же тип), то последний выигрывает.
Итак, подход будет заключаться в использовании API-интерфейсов ConfigurationManager для загрузки двух отдельных UnityConfigurationSections, а затем дважды вызовите LoadConfiguration, один разкаждый раздел конфигурации.Это должно быть все, что вам нужно сделать.