Я вполне уверен, что есть плагин, который выгружает текущее содержимое базы данных в файлы фикстур (хотя я не помню, чтобы это имя было в верхней части моей головы). Одним из способов решения этой проблемы было бы загрузить приборы, запустить миграцию, а затем использовать этот плагин, чтобы выгрузить приборы обратно.
С другой стороны, если ваша схема БД изменилась, есть вероятность, что ваши условия тестирования, угловые случаи и ограничения теперь различны, поэтому ручной обзор ваших приборов и тестовых случаев, вероятно, не является плохой идеей.