Пример ваших pom-файлов был бы великолепен, но в многомодульных проектах я всегда объявляю зависимости в родительском pom в теге dependencyManagement:
<dependencyManagement>
<dependencies>
<dependency>
<groupId>group-a</groupId>
<artifactId>artifact-a</artifactId>
<version>1.0</version>
</dependency>
...
В модуле пом я просто делаю зависимость без версии:
<dependencies>
<dependency>
<groupId>group-a</groupId>
<artifactId>artifact-a</artifactId>
</dependency>
...
Таким образом, каждый модуль использует одну и ту же версию.
Следует помнить, что модули в maven не наследуют зависимости от родителя. Вы должны объявить зависимости, используемые в самом модуле.
Другое дело, я считаю, что когда вы работаете за пределами IDE (которая ищет в рабочей области зависимости), вам необходимо установить каждый модуль в вашем локальном репозитории. Я не думаю, что maven будет искать неустановленные зависимости в многомодульном проекте, если вы не выполняете его на родительском pom.