Я бы повторил другие ответы - что вам нужно избегать конфликтов, если вы не хотите повредить файл - и я бы пошел дальше, чтобы предположить, что вы, вероятно, неправильно используете SharedPreferences.
SP предназначены для хранения небольших фрагментов информации о вашем приложении - пользовательских настройках, таких как громкость, играет ли музыка или тому подобное.
SP не предназначены для хранения данных, которые часто изменяются и / или больших объемов данных, и это плохая идея, чтобы попытаться сделать это (по причинам, которые вы обнаружили, и некоторые другие).
Помните, что SP на самом деле являются просто XML-файлом - вам приходится тратить время на синтаксический анализ и воссоздание, что каждый раз, когда вы меняете его тоже!
Идея приложения, которое обновляет SP более чем в одном потоке, немного сумасшедшая, я думаю - вам нужен лучший способ управления и хранения сохраняемых вами данных - он окупится для вас в более чем одном способ ...