Используйте объясните , чтобы узнать план исполнения вашего запроса.
Создать хотя бы один или несколько индексов.Если возможно, сделайте первичный ключ CityCode
Попробуйте этот
SELECT CityCode,SUM(A),SUM(B),SUM(C),SUM(D), SUM(E),SUM(F),SUM(AA),SUM(BB),SUM(CC),SUM(DD),SUM(EE),SUM(FF)
FROM users
GROUP BY CityCode,A,B,C,D,E,F,AA,BB,CC,DD,EE,FF