Лучший способ сделать это - пройти DOM, используя рекурсивную функцию для тегов li. Затем включите его в JSON как «объект дерева».
Вы можете получить элементы корневого уровня для запуска вашей рекурсивной функции, например:
$("#tree").wijtree();
$("#tree > ul > li").each(function(){ yourRecursiveFunc(node) });