Из справки:
={motion} Filter {motion} lines through the external program
given with the 'equalprg' option. When the 'equalprg'
option is empty (this is the default), use the
internal formatting function |C-indenting|. But when
'indentexpr' is not empty, it will be used instead
|indent-expression|.
Похоже, что установка опции equalprg
- это то, что вам нужно.