Вообще говоря, у вас есть три варианта, все они описаны в MSDN:
Какая из них подходит вам, зависито том, для чего нужен ваш сервис, как он будет использоваться, насколько масштабируемым и безопасным вам нужно будет настроение, а также о дюжине других вещей.Не зная немного больше о том, что делает ваша служба и как она будет использоваться в вашей организации, трудно дать рекомендацию.
Хостинг IIS прост в настройке и является отличным вариантом, если вы хотите использовать все функциональные возможности промышленного хостинга, которые предлагает полноценный веб-сервер.
Самостоятельный хостингэто быстро и легко - вы можете отключить консольное приложение WCF за две минуты - но это неуклюжее решение.Вы, конечно, должны запускать хост-приложение как отдельный пользователь Windows.Может быть, не идеально?
Хостинг под управлением Windows - это золотая середина.Он предоставляет вам всегда доступную функциональность без необходимости входа в систему в качестве отдельного пользователя, но не предлагает конфигурируемость и масштабируемость решения IIS.Это займет немного больше усилий, чем громкое консольное приложение, но не намного.