Лучшим методом будет любой метод, который отвечает всем функциональным и нефункциональным ограничениям.
Какая скорость вам нужна, есть ли проблемы с текущей ситуацией?
Какова ваша стратегия резервного копирования / сбоя
Я бы, вероятно, использовал SqlCommand.ExecuteNonQuery (), потому что он является частью среды выполнения .net, которая не требует дополнительной установки приложений, которые могут не понадобиться пользователю.
Исходя из вашего вопроса, я предполагаю, что существует существующее приложение с множеством встроенных строк запроса. Я хотел бы попытаться получить в какой-то репозиторий, который автоматически размещает их на сервере (в виде хранимой процедуры) и внутри вашего кода.
Не бойтесь простых текстовых файлов или других файлов конфигурации с запросами.