Поскольку вы используете ImageTools, это можно сделать следующим образом:
ExtendedImage image = new ExtendedImage();
image.SetSource(imageStream);
ImageTools.IO.Png.PngEncoder enc = new PngEncoder();
enc.Encode(image, resultStream);
Где imageStream
- поток растровых изображений, а resultStream
- результирующий поток PNG.