Этот ответ предназначен для тех, кто приходит к этому вопросу, имея в виду всплывающее окно с самостоятельным запуском. Создайте переменную члена класса для всплывающего окна.
PopupWindow popupWindow;
При условии, что он был инициализирован и показан ранее, его можно закрыть при необходимости с помощью
if (popupWindow != null) {
popupWindow.dismiss();
}
Подробнее см. в этом вопросе .