Я использую браузер FireFox, и он меняет заголовок Referer на свой рекламный (плагин) REFCONTROL. Есть ли другой способ изменить IE Reference Header из окна реестра или где-либо еще?
Нет, в IE нет способа сделать это без написания расширения браузера с собственным кодом.
Это можно сделать тривиально, используя вкладку Фильтры в Fiddler (www.fiddler2.com)