Ни один из них не лучше другого для SEO.Оба могут иметь исходный упорядоченный контент, пользовательские метатеги, пользовательские заголовки и URL-адреса SEF.Что касается поисковых систем, то Drupal и Joomla неразличимы.
Реальный вопрос в том, на каких элементах легче манипулировать.Я использую Joomla, потому что легче обучать нетехнических клиентов, поэтому я могу только комментировать это.Обычно мы используем K2, основные URL-адреса SEF и пользовательский шаблон для простого управления всеми этими вещами через администратора.