Не уверен, что вы имеете в виду под "метаданными", но я очень доволен Liquibase.
Управляет схемой в одном (или нескольких) XML-файлах и может реконструировать существующую базу данных (поддерживаются все основные).
Она основана на Java / JDBC и отлично работает в Linux
Основными целями Liquibase является плавная обработка обновлений (миграция схемы), поэтому я не уверен, что это именно то, что вы ищете.