Над какой Joomla-версией вы работаете? Если это Joomla 1.7, вы можете сделать это в своем коде:
$app = JFactory::getApplication();
$app->logout( $user_id );
Где $ user_id - это идентификатор пользователя, которого вы хотите выйти из системы. Если вы оставите его пустым или не установите его, он выйдет из системы пользователя, который выполняет запрос.
Для Joomla 1.5 вы можете сделать это таким же образом, но в Joomla 1.5 есть глобальная переменная с именем $ mainframe, которая содержит экземпляр приложения, поэтому вы можете сделать:
global $mainframe;
$mainframe->logout( $user_id );
Надеюсь, это помогло!