Детали зависят от того, какую технологию вы используете в качестве транспорта для вашего веб-сервиса, но ответ - да.
Например, если вы используете JAX-WS (для мыла) или JAX-RS (для отдыха), то обе эти технологии могут использовать объекты JAXB. Если вы пишете чистый сервлет, вы можете маршалировать объекты JAXB и записывать XML в ответ или отменять маршализацию запроса с помощью JAXB. Конечно, вашему клиенту также понадобится какой-то способ интерпретации данных.