Используйте IzPack для создания инсталляторов. Благодаря этому вы получаете возможность установить приложение в нужный каталог.
http://izpack.org
Кроме того, вы также можете проанализировать файл bat, чтобы указать каталог установки, выполнив следующие действия:
Создайте файл bat, как этот run.bat:
java -classpath=$INSTALL_PATH/lib/alib.jar -jar $INSTALL_PATH/bin/myapp.jar
И укажите в install.xml следующее:
<pack name="Base" required="yes">
<file src="run.bat" targetdir="$INSTALL_PATH" override="true" />
<parsable targetfile="$INSTALL_PATH/run.bat"/>
</pack>
Это проанализирует летучую мышь и заменит ее каталогом установки.