Это не вызовет никаких проблем, но убедитесь, что:
вы не «пропускаете» экземпляр ISession (другие потоки никогда не будут к нему иметь доступ)
вы правильно утилизируете сеанс, когда он вам больше не нужен
ISessionFactory с другой стороны является поточно-ориентированным и может использоваться из нескольких потоков без дополнительной синхронизации с вашей стороны.
using(ISession session = _sessionFactory.OpenSession()) {
// use session making sure it will not become visible to other threads
}