Я думаю, что-то вроде этого может работать:
out_file=1
out_pairs=0
cat $in_file | while read line; do
if [ $out_pairs -gt 1000000 ]; then
out_file=$(($out_file + 1))
out_pairs=0
fi
echo "${line%?????}" >> out${out_file}
echo "${line#?????}" >> out${out_file}
out_pairs=$(($out_pairs + 1))
done
Не уверен, что это проще или эффективнее, чем использование Perl.