Вы можете использовать атрибут data, чтобы отличать один тд от другого и сопоставлять его с любой логикой, которую вы используете для генерации кораблей. Когда происходит событие сброса, вы можете выяснить, с чем вы имеете дело.
Однако вы, скорее всего, столкнетесь с проблемами рендеринга, как только начнете пытаться добавить причудливый стиль к элементам td. Нет необходимости говорить, что вы раздвигаете границы того, для чего предназначена разметка таблицы. Я бы посоветовал поиграть с элементом canvas и попытаться создать из него свою игру.