Я не совсем уверен, что вы хотите добавить в этот массив, но вот общий метод «помещения» данных в массив с использованием php:
<?php
$array[] = $var;
?>
например, вы можете сделать:
for ($i=0;$i < count($_POST['checkbx']);$i++)
{
// calculate the file from the checkbx
$filename = $_POST['checkbx'][$i];
$clearfilename = substr($filename, strrpos ($filename, "/") + 1);
echo "'".$filename."',";
$files[] = $filename;
}