Решение было:
- перемещение файла
skripte/data/somefile.csv
в другое место
svn delete skripte/data/somefile.csv
svn commit -m=""
-m=""
означает только то, что я не хочу отправлять здесь сообщение о коммите.
После этих 3 шагов svn status
показывает, что все правильно.
Спасибо @ZoolWay, @Piskvor и @Raghuram за то, что они направили меня в правильном направлении и указали на вещи, которые помогли мне определить ошибку в этом случае.