Боюсь, у меня нет доступа к коду, в котором я его использовал, но что-то вроде следующего звучит как колокол:
foreach ($mail as $message_id => $message) {
$mail->setFlags(
$mail->getNumberByUniqueId($mail->getUniqueId($message_id)),
array(Zend_Mail_Storage::FLAG_RECENT)
);
}