Не обязательно решение вашей проблемы, но некоторая базовая проверка ошибок может указать вам верное направление. Ваша проблема может даже начаться при первоначальном обращении к файлу.
$passwords = file("passwords.txt");
if (!$passwords) {
echo 'Unable to read password file';
} //etc
$source = file_get_contents("http://dbadmin.one.com/index.php?lang=en&server=1&pma_username=$user&pma_password=$pass");
if (!$source) {
echo 'Unable to read file source';
} //etc
Также в качестве примечания, если вы вызываете эту функцию для файла, находящегося за пределами вашей файловой системы, вы не получите вывод (HTML), похожий на вызов в браузере (не уверен, что это было вашим намерением). *