Это происходит потому, что вы используете рейк из системы. (последняя версия по умолчанию)
Решение заключается в использовании команды:
bundle exec rake db:migrate
Также вы можете создать псевдоним. Потому что эта команда слишком большая и ее сложно написать.
echo "alias be='bundle exec'" >> ~/.bash_profile
source ~/.bash_profile
Тогда вы можете использовать следующую короткую команду:
be rake db:migrate