Вероятно, это связано с проблемами производительности в ранних версиях Entity Framework.
В более ранних выпусках было довольно много проблем с запросами, которые плохо транслировались в Entity Framework. Более поздние выпуски решали многие из этих проблем, поэтому теперь я бы сказал, что это скорее всего или лучше с точки зрения производительности.
Это, как говорится, действительно зависит от того, что вы тестируете - тесты и профилирование - единственный способ определить. Linq To SQL будет быстрее для некоторых операций - но EF также будет быстрее для других. При этом EF теперь предоставляет гораздо больше возможностей для обхода ограничений и проблем, поэтому, вероятно, со временем станет более настраиваемым.