Обычной практикой, похоже, является установка обновленного Python 2.5 с python.org и использование его вместо системной установки. Я видел это рекомендованное здесь и там, когда я начал работать в Mac OS X.
Он устанавливается под /Library
(в отличие от /System/Library
), поэтому системный Python не поврежден. Pydev имеет /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.5/Resources/Python.app/Contents/MacOS/Python в качестве сконфигурированного интерпретатора Python, и все в порядке.
Не могу точно сказать, что ваша проблема связана только с использованием системной установки Python; в любом случае, так у меня нет проблем. Кроме того, таким образом, когда вы возитесь со своей средой разработки (устанавливаете вещи в пакетах сайта, обновляете Python), все, что использует системный Python, обязательно не изменится.