Вы можете указать gcc поискать в другом каталоге include с помощью -I
:
gcc -I/home/bob/includes
Это добавит /home/bob/includes
к местоположению, которое ищет gcc. Лучше всего создать дерево, которое там ожидает gcc - например, если /home/bob/includes
был каталогом, где действительно находились заголовки, а код запрашивает dir/header.h
, то поместите заголовки в /home/bob/includes/dir