Вы можете создать подкласс модели во внешнем приложении в одном из ваших собственных приложений, что, вероятно, будет разумным решением, т. Е.
from someapp.models import SomeModel
from taggit.managers import TaggableManager
class SomeModelTagged(SomeModel):
tags = TaggableManager()
Тогда в представлениях, где вы использовали SomeModel из внешнего приложения, вам придется использовать вместо этого новую модель.