JSI (Java Spatial Index) обеспечивает относительно простую, но быструю реализацию R-Tree в Java, однако она предназначена для плоских координат.Я не уверен, насколько хорошо он работает с геопространственными координатами (для обтекания полюсов и на 180 градусов долготы).
NASA Worldwind Java SDK включает в себя эффективную реализацию QuadTree, которая работает хорошос геопространственными координатами.
Я оценил скорость и сложность времени для операций вставки и запроса, и оба показали одинаковую производительность для 10 000 элементов.
Я не пробовал Lucene пока что пространственный, но попробую и посмотрим, насколько хорошо он сравнится в моем маленьком тесте.