Я так понимаю, что это нужно для записи?Таким образом, о classpath не может быть и речи.
Укажите путь в качестве аргумента запуска JVM:
-Dconfig.location="/path/to/config/files"
Таким образом, он доступен для System#getProperty()
.
String configLocation = System.getProperty("config.location");
File configFile = new File(configLocation, "config.properties");
// ...
Правильно документируйте это в руководстве по установке / использованию вашего веб-приложения.Реализуйте свой код соответствующим образом, чтобы он генерировал кристально чистое исключение во время выполнения всякий раз, когда это свойство отсутствует, или что путь не существует или недоступен для записи, чтобы его можно было легко исправить сисадмином.